Durant les situacions d'incapacitat temporal, es manté l'obligació de l'empresa, llevat d'extinció del contracte, de cotitzar (fins als 545 dies com a màxim).

En Accident de Treball / Malaltia Professional l'empresa suporta el cost del dia de la baixa mèdica en concepte salari i el dia de la baixa mèdica en cas de recaiguda. En contingència comuna l'empresa abona el subsidi d'Incapacitat temporal des del dia 4t al dia 15è de la baixa al 60% de la Base reguladora.

Depenent de l'acordat en el conveni col·lectiu aplicable o, si no, en el pacte individual amb el treballador, l'empresari podrà haver de fer-se càrrec de la diferència (o d'un percentatge de la mateixa) entre la retribució que hauria de percebre el treballador, de no estar en situació d'incapacitat temporal, i el subsidi per aquest concepte a què tingui dret.

També existeixen unes conseqüències econòmiques per als treballadors per la pèrdua de salari que deixen de percebre en situació de baixa mèdica (en el cas de no tenir complement voluntari). I en contingència comuna els tres primers dies de baixa el treballador no percep subsidi.

El subsidi s'abona bé en pagament delegat per les empreses o bé en pagament directe per les entitats gestores o col·laboradores de la Seguretat Social. En pagament prim és una forma de col·laboració obligatòria, amb la Seguretat Social. Amb posterioritat, l'empresa es reintegra de les quantitats satisfetes per aquest concepte als seus treballadors, descomptant-les de l'import de les liquidacions que han d'efectuar per a l'ingrés de les quotes de Seguretat Social.

L'import del subsidi és diferent depenent de si la situació d'Incapacitat temporal és deguda a contingències professionals o comuns: (Llei General de la Seguretat Social. Reial decret legislatiu 8/2015, de 30 d'octubre articles 169-171) :

• En Accident de Treball / Malaltia Professional: La Mútua o Institut Nacional de la Seguretat Social abonen al treballador el subsidi el 75% de la base reguladora a partir del dia de la baixa fins a l'alta mèdica. (Decret 3158/1966 article 2) :
• En Accident no laboral / Malaltia Comuna : Del dia 16è al dia 20è: abona l'Institut Nacional de la Seguretat Social o Mútua el subsidi al 60% de la base reguladora i a partir del dia 21è: al 75% de la base reguladora (articles 13 i 14 del Decret 1646/1972 de 23 de juny i article únic del Reial decret 53/1980, d'11 de gener ).

En bona part d'ocasions (especialment en les empreses amb pocs treballadors), el beneficiari ha de ser substituït, amb el que això implica de costos de selecció, formació bàsica, remuneració i cotització social.

Per bé que poden considerar-se difícilment mesurables, han de valorar-se en la seva importància els costos provocats indirectament per l'absència del treballador, com a conseqüència de la relació singular amb els clients o pels seus coneixements o habilitats específiques en la producció.

D'acord amb la normativa (Reial decret-Llei 3/2012 disposició final primera.4) , els treballadors en qui coincideixi el període fixat per a les seves vacances amb una situació d'incapacitat temporal per contingències professionals o comuns (en ambdós casos no relacionats amb l'embaràs, part o lactància natural) tindran dret a què, una vegada finalitzada aquesta situació, se'ls assigni un nou període, fins i tot quan hagués finalitzat l'any natural en què s'haurien d'haver gaudit, per bé que amb el límit dels 18 mesos a partir del final de l'any en què es va originar la incapacitat temporal.

Sens dubte, l'absentisme laboral constitueix una de les causes més importants en la pèrdua de productivitat de les empreses, cosa que dona lloc a fallides en la seva competitivitat i, en conseqüència, a dificultar la seva expansió i minar els resultats, des d'una menor producció del treballador substitut fins que es finalitza el seu període d'aprenentatge, a una menor producció del treballador de baixa després de la seva tornada al treball.

El Reial decret 404/2010 de 31 de març , regula l'establiment d'un sistema d'incentius per a les empreses que es distingeixin per la seva contribució eficaç i contrastable a la reducció de la sinistralitat laboral i per la realització d'actuacions efectives en la prevenció dels accidents de treball i de les malalties professionals, norma desenvolupada mitjançant la Ordre TIN/1448/2010 de 2 de juny .

A vegades, l'empresa necessita sol·licitar als seus treballadors la realització d'hores extres per mantenir la producció o el servei, o bé per ajustar-se a la programació, cosa que li suposa un cost addicional.

L'absentisme en l'organització pot generar desmotivació en els treballadors presents i per consegüent més reivindicacions salarials, vagues, etc.