Podem classificar les conseqüències de l'absentisme d'incapacitat temporal (contingència professional i contingència común) en dos tipus:
- El treballador necessita assistència sanitària de les seves malalties.
- L'empresa té obligació de la protecció i vigilància de la salut dels treballadors.
La incapacitat temporal té incidència en els costos per a les empreses, però no només en els costos directes sinó també en els costos indirectes.
El mesurament d'ambdós costos és imprescindible, tant per conèixer la seva influència en la productivitat, com per a conèixer el nivell de cost real que l'empresa té i així poder determinar el nivell d'inversió que l'empresa estaria disposada a acceptar per reduir-ho i finalment, poder comparar el cost de la incapacitat temporal amb els resultats econòmics finals obtinguts de les intervencions desenvolupades.
Costos directes Empreses
Durant les situacions d'incapacitat temporal, es manté l'obligació de l'empresa, llevat d'extinció del contracte, de cotitzar (fins als 545 dies com a màxim).
En Accident de Treball / Malaltia Professional l'empresa suporta el cost del dia de la baixa mèdica en concepte salari i el dia de la baixa mèdica en cas de recaiguda. En contingència comuna l'empresa abona el subsidi d'Incapacitat temporal des del dia 4t al dia 15è de la baixa al 60% de la Base reguladora.
Depenent de l'acordat en el conveni col·lectiu aplicable o, si no, en el pacte individual amb el treballador, l'empresari podrà haver de fer-se càrrec de la diferència (o d'un percentatge de la mateixa) entre la retribució que hauria de percebre el treballador, de no estar en situació d'incapacitat temporal, i el subsidi per aquest concepte a què tingui dret.
També existeixen unes conseqüències econòmiques per als treballadors per la pèrdua de salari que deixen de percebre en situació de baixa mèdica (en el cas de no tenir complement voluntari). I en contingència comuna els tres primers dies de baixa el treballador no percep subsidi.
Costos directes Mútues i Entitats Gestores
El subsidi s'abona bé en pagament delegat per les empreses o bé en pagament directe per les entitats gestores o col·laboradores de la Seguretat Social. En pagament prim és una forma de col·laboració obligatòria, amb la Seguretat Social. Amb posterioritat, l'empresa es reintegra de les quantitats satisfetes per aquest concepte als seus treballadors, descomptant-les de l'import de les liquidacions que han d'efectuar per a l'ingrés de les quotes de Seguretat Social.
L'import del subsidi és diferent depenent de si la situació d'Incapacitat temporal és deguda a contingències professionals o comuns: (Llei General de la Seguretat Social. Reial decret legislatiu 8/2015, de 30 d'octubre articles 169-171) 
:
:
Costos indirectes empreses
En bona part d'ocasions (especialment en les empreses amb pocs treballadors), el beneficiari ha de ser substituït, amb el que això implica de costos de selecció, formació bàsica, remuneració i cotització social.
Per bé que poden considerar-se difícilment mesurables, han de valorar-se en la seva importància els costos provocats indirectament per l'absència del treballador, com a conseqüència de la relació singular amb els clients o pels seus coneixements o habilitats específiques en la producció.
D'acord amb la normativa (Reial decret-Llei 3/2012 disposició final primera.4) , els treballadors en qui coincideixi el període fixat per a les seves vacances amb una situació d'incapacitat temporal per contingències professionals o comuns (en ambdós casos no relacionats amb l'embaràs, part o lactància natural) tindran dret a què, una vegada finalitzada aquesta situació, se'ls assigni un nou període, fins i tot quan hagués finalitzat l'any natural en què s'haurien d'haver gaudit, per bé que amb el límit dels 18 mesos a partir del final de l'any en què es va originar la incapacitat temporal.
Sens dubte, l'absentisme laboral constitueix una de les causes més importants en la pèrdua de productivitat de les empreses, cosa que dona lloc a fallides en la seva competitivitat i, en conseqüència, a dificultar la seva expansió i minar els resultats, des d'una menor producció del treballador substitut fins que es finalitza el seu període d'aprenentatge, a una menor producció del treballador de baixa després de la seva tornada al treball.
A vegades, l'empresa necessita sol·licitar als seus treballadors la realització d'hores extres per mantenir la producció o el servei, o bé per ajustar-se a la programació, cosa que li suposa un cost addicional.
L'absentisme en l'organització pot generar desmotivació en els treballadors presents i per consegüent més reivindicacions salarials, vagues, etc.